Согласно словарю русской фразеологии, выражение «без царя в голове» имеет два варианта происхождения:

1. От пословицы «У каждого свой царь в голове», ставшей архаичной к концу XIX в. Содержание ее носит образно-метафорический характер, разум в голове сопоставляется с царем в государстве.
2. В результате «свертывания» пословицы «Свой ум — царь в голове», которая до XIX века использовалась в положительном ключе по отношению к умным, самостоятельно мыслящим людям.

----

Госпожа-государыня,
не казни недостойного
и пощады-то просить
сирым мытарем у престола,
заблудился я в поисках истин
и праведных мыслей,
не пытай же за чистую правду
неправдой размытой.

Не терзай душевными сомнениями,
вроде смуты
тайных домыслов, будто
собираю вовсе не мудрость
щедрых податей
духом вольного простого народа,
а вбираю пророчества
олухов седобородых.

Посему обираю казну,
и себя, и царицу,
наказуя незнанием -
что в целом царстве творится.
Знать, головушка моя,
самодержица - не достойна
государства своего,
за жизнь повидавшего столько...